こんばんは。
こちらではそういったことは起きたことがありませんし、そういったクレームも来たことがありませんのでプログラムの問題ではなさそうです。
iCloudの性質上、同期するまでにある程度時間がかかることがあります。
その間に操作をするとデータがおかしな状態になることがあります。
また、データを削除しても復活するということを考えるとiCloud側のデータがおかしくなっている可能性が考えられます。
データのバックアップを取った上で以下のようにしてみてください。
1.アプリを全iOS端末から削除する
2.iPhoneの設定→一番上の「AppleID、iCloud…」と書かれている行をタップ
3.iCloudをタップ
4.一番上のiCloudの行をタップ
5.ストレージを管理をタップ
6.おかたづけ2の行をタップ
7.右上の編集をタップ
8.すべて削除をタップ
9.15分くらい待つ
10.一台にアプリをインストールしてバックアップから戻す
11.15分くらい待ってから残りのiOS端末にアプリをインストールする
12.同期されていることを確認する（数時間かかることもあります）