・ポイント1
端末1、端末2のアプリだけでなく iCloud側のデータも削除されましたか？
整合性の取れなくなったデータはアプリをアンインストールするだけでは直らないのです。
二つ目に紹介した手順を順番に飛ばさないでやってくださいね。
・ポイント2
端末2にデータが戻ってくるということは、iCloudと端末2は同期できているということです。
iCloud内のデータとリストアしたデータがまったく同じだと端末1からiCloudと端末2に同期したように見えても実際はiCloudに残っているデータが端末2に落ちてきただけの可能性もあります。
それを検証するためには、
1.今の状態から端末2でデータを入力
2.15分くらい待つ
3.端末2でアプリを削除
4.15分くらい待つ
5.端末2にアプリをインストール
これでさっき入力したデータがあれば端末2とiCloudの同期は正しく行われているので、同期できないのは端末1の問題ということになります。